மூர்த்தி, தலம், தீர்த்தம், விருட்சம் (பூவரசு) ஆகியவை ஒருங்கே அமையப்பெற்ற வரலாற்றுச் சிறப்பு மிக்க ஆலயமாக விளங்குவது கண்ணகையம்மாள் என வழங்கும் அருள்மிகு ஸ்ரீ இராஜ ராஜேஸ்வரி அம்பாள் ஆலயம் ஆகும். இவ்வாலயம் புங்குடுதீவு தெற்குக் கடற்கரை மணற்பரப்பில் ஏறக்குறைய ஆயிரம் பரப்பு நிலத்தில் அமைந்துள்ளது. வேண்டுவார் வேண்டுவதை வழங்கி அருள்புரியும் அன்னையாம் கண்ணகையம்மன் கோவில் கொண்டுள்ள இவ்வாலயத்தின் சிறப்பு சொல்லில் அடங்காததாகும்.
கி.பி.1505 லிருந்து போர்ச்சுகீசியர்களின் ஆட்சிக்கு உட்பட்டிருந்த இலங்கையின் புங்குடுதீவு நிர்வாகத்தினரில் குறிப்பிடத்தக்கவர் கதிரவேலு ஆறுமுகம் உடையார் ஆவார். இவருக்கு புங்குடுதீவு கிழக்கில் இருந்து தெற்குக் கடற்கரை வரை காணிகள் இருந்தன. இவர் தனது பட்டியிலிருந்து மந்தைகளைக் காலையில் வெளியில் சென்று மேய்ந்து வருவதற்காகத் திறந்து விடுவார். இவரது மாடுகளும் எருமைகளும் வழமைப்பிரகாரம் வெளியில் சென்று வயிறார மேய்ந்து விட்டு மாலையில் தங்களது பட்டிக்குத் திரும்பி விடும். ஒருநாள் மாலையாகியும் அவரது மாடுகள் பட்டிக்குத் திரும்பவில்லை. உடனே உடையார் தனக்கு வேண்டிய சிலருடன் மாடுகள் வழக்கமாக மேயப்போகும் இடங்களுக்குத் தேடிப்போனார். என்னே அதிசயம்! இந்து சமுத்திரத்தின் தென்கிழக்குக் கடற்கரையில் கோரியா என்னும் இடத்தின் ஒருபகுதியில் ஏதோ ஒன்றைச் சுற்றி வளைத்துக் கொண்டு அவரது மாடுகள் நின்றன. அங்கு சென்று மாடுகளைத் துரத்தினர். ஆனால் மாடுகள் அந்த இடத்தை விட்டு அசையவில்லை. அருகில் சென்று பார்த்தபோது அங்கே மாடுகளின் நடுவே ஓர் அழகிய பேழை காணப்பட்டது. சென்றவர்கள் பேழையைத் தூக்கிக் கரைக்குக் கொண்டு வர மாடுகளும் கரைக்குத் திரும்பி வந்தன. கரைக்கு வந்ததும் பெட்டியை ஓரிடத்தில் வைத்தபோது அப்பெட்டி நிலத்தில் இருப்புக் கொள்ளவில்லை. இதனால் திரும்பவும் அவ்விடத்தில் இருந்து தூக்கிக் கொண்டு வந்து நாயன்மார் காடு என்ற இடத்தில் வைத்துத் திறந்து பார்க்க முற்பட்டனர். ஆனால் அந்த இடத்திலும் அப்பெட்டி இருப்புக் கொள்ளாததோடு அவர்களால் பெட்டியைத் திறக்கவும் முடியவில்லை. அவர்கள் மீண்டும் அப்பெட்டியைத் தூக்கிக் கொண்டு தற்போது இக்கோயில் அமைந்துள்ள இடத்திற்கு வந்தனர். அங்குள்ள ஒரு பழைமையான பூவரசம் மரத்தின் நிழலில் வைத்துவிட்டு இளைப்பாறியபின் திரும்பவும் தூக்கினர். ஆனால் அவர்களால் மீண்டும் அப்பெட்டியை அவ்விடத்தில் இருந்து தூக்க முடியவில்லை. இச்செய்தி ஊருக்குள் பரவியதும் பலர் அங்கு வந்து சேர்ந்தனர். எல்லோரும் சேர்ந்து தூக்க முயன்றும் முடியாததால் பெட்டியைத் திறந்து பார்த்தனர். அதனுள் அழகான ஒளிமயமான அம்பாள் சிலை ஒன்று காணப்பட்டது. இதனைப் பார்த்துக் கொண்டு நின்ற ஒரு வயோதிகப் பெண் உருக்கொண்டு அம்பாளே பேசுவது போல் பேச முற்பட்டாள்-- நான் திருவருள் கூட்டிய கண்ணகிப்பெண். என்னுடன் எனது பாதுகாப்பிற்காக இதோ பத்திரகாளிக்கும் இந்த இடம் பிடித்துக் கொண்ட படியால் இங்கு வந்து சேர்ந்தோம். எங்களை இந்த இடத்திலேயே பிரதிஷ்டை செய்து ஆறுதல்படுத்துங்கள். நன்மை உங்களை நாடி வரும். மற்ற ஆறுசிலைகள் வெவ்வேறு இடங்களுக்குப் போயிருக்கின்றன. அங்குள்ளோர் அவற்றைப் பார்க்கட்டும் என்று கூறினாள். கண்ணகியாக உருக்கொண்டு அவ்வயோதியப்பெண் கூறியதைக் கேட்ட அனைவரும் பக்தி பரவசமடைந்தனர். சில நாட்களுக்கு பின்னர் உருக்கொண்ட அம்மையின் திருவாக்கின்படி ஏனைய சிலைகளும் கரம்பன், காரைநாகர், வட்டுக்கோட்டை, மாதகல், சங்கானை, சண்டிலிப்பாய் ஆகிய இடங்களில் கண்டெடுக்கப்பட்டு அவ்வவ் விடங்களில் கண்ணகிக்கு ஆலயங்கள் அமைக்கப்பட்டன. ஆறுமுக உடையார் கிராம மக்களுடன் சேர்ந்து கோயில் அமைக்கும் பணியில் இறங்கினார். கட்டிடத்திற்குரிய மரங்கள் பெருமளவில் கிடைக்கவில்லை. இந்நிலையில் மறுநாள் இரவு மழையுடன் கூடிய பெரும் புயல் அடித்தில் அதிகமான பனைமரங்கள் முறிந்து விழுந்தன. இதனால் ஆலயம் கட்டுவதற்கான நல்ல மரங்கள் கிடைக்கப் பெற்றன. இம்மரங்களைக் கொண்டு அப்பெட்டி வைக்கப்பட்டிருந்த இடத்தில் ஆலயம் அமைக்கப்பட்ட, கண்ணகி அம்மனை அங்கு பிரதிஷ்டை செய்து நித்திய பூஜைகள் செய்து வழிபட்டனர். மேலும் இவ்வாலயத்தின் வடக்குப் பக்கமாக காவல் தெய்வமாகிய பத்திகாளி அம்மனுக்கும் சிறிய ஆலயம் ஒன்று அமைக்கப்பட்டது. காலத்திற்கு காலம் கடல்மூலம் ஆலயத்திற்குத் தேவையான தளபாடப் பொருட்கள் ஆலயக் கரையை வந்தடைந்தன. ஆகம விதிகளுடன் 1880 ம் ஆண்டு சுண்ணாம்புக் கற்களினாலான நிரந்தரக் கட்டிடம் அமைக்கப்பட்டு, நிதித்திய பூஜைகள் நடைபெற துவங்கின. ஆடி மாத பூர நட்சத்திரத்தை அந்தமாகக் கொண்ட பத்து நாட்களுக்குத் திருவிழா நடைபெற்றது. அதிலும் அதிசயம். கொடியேற்றத் திருவிழாவிற்கு முன்னரே கொடிமரம் கடல்மூலம் கரைக்கு வந்தடைந்தது. 1931 ம் ஆண்டு இக்கோயில் புனரமைப்புப் பணிகள் நடைபெற்று, இக்கோயிலின் முதல் கும்பாபிஷேகம் நடத்தப்பட்டது. இக்கோயிலின் கருவறையில் ஸ்ரீ ராஜ ராஜேஸ்வரி அம்பாளும், இரண்டாம் மண்டபத்தில் வடக்குப் புறத்தில் தெற்கு முகமாக, தெற்கு வாசலின் ஊடாகச் சமுத்திரத்தை நோக்கியபடி ஸ்ரீ கண்ணகி அம்பாளும் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டனர்.1944 ம் ஆண்டு இக்கோயிலின் இரண்டாவது கும்பாபிஷேகம் வெகு சிறப்பாக நடத்தப்பட்டது. வல்லன்பதி இலுப்பண்டைநாச்சியார் ஆலயத்தின் புளியமரத்தில் பள்ளி கொண்டிருக்கும் நாகபாம்பு கண்ணகியம்மன்,நயினை நாகபூஷணியம்மன், புளியங்கூடல் முத்துமாரியம்மன் ஆலய உற்வச காலங்களில் அம்மனுக்கு வாயினால் பூ எடுத்துச் செல்வதாக கண்ணால் கண்டவர்கள் கூறுகின்றனர். 1957 ம் ஆண்டு சுண்ணாம்பு கட்டிடம் முழுவதும் அழிக்கப்பட்டு நிரந்தர கட்டிடம் அமைக்கப்பட்டு, 1964 ல் கும்பாபிஷேகம் நடத்தப்பட்டது. 1957 ம் ஆண்டு புதிய ராஜகோபுரம் மற்றும் சித்திரத்தேர் பணிகள் நடைபெற்றன. வரலாற்று சிறப்பு மிக்க சிலப்பதிகாரப் பெருவிழா நடத்தப்பட்ட சிறப்பு இக்கோயிலுக்கு உண்டு. கண்ணகி அம்பாளின் தேர்த்திருவிழாவான சித்திரா பவுர்ணமி தினத்தில் கனடாவிலுள்ள ஸ்ரீ துர்க்காதேவி ஆலயத்திலும் கொண்டாடப்படுவது குறிப்பிடத்தக்கது.
